Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Surabaya yang merupakan cikal bakal Universitas Negeri Surabaya didirikan berdasarkan SK Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan nomor 182/1964 tanggal 19 Desember 1964. Pada masa awal perkembangannya, IKIP Surabaya memiliki lima fakultas, salah satunya adalah Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta (FKIE) yang secara resmi berdiri pada tanggal 1 Januari 1968.

Pendirian Jurusan Biologi Unesa berawal dari Jurusan Pendidikan Biologi, FKIE-IKIP Surabaya, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 3373/KT/I/SP/68 tanggal 4 Desember 1968.

Selanjutnya, sejak tahun 1977 Sekolah Tinggi Olahraga berintegrasi ke dalam dalam IKIP Surabaya, maka berdasarkan Peraturan Pemerintah R.I. nomor 27/1981 IKIP Surabaya memiliki enam fakultas, yakni Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Fakultas Pendidikan Bahasa dan Seni (FPBS), Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu pengetahuan Alam (FPMIPA), Fakultas Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (FPIPS), Fakultas Pendidikan Teknologi dan Kejuruan (FPTK), dan Fakultas Pendidikan Olahraga dan Kesehatan (FPOK).

Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu pengetahuan Alam (FPMIPA) merupakan awal mula Fakultas Matematika dan Ilmu pengetahuan Alam Unesa; sedangkan Jurusan Pendidikan Biologi  merupakan cikal bakal Jurusan Biologi. Selanjutnya, Program Studi S1 Pendidikan Biologi didirikan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor: 0558/O/1983 tanggal 8 Desember 1983.

Pada perkembangan berikutnya, tahun 1999 berdasarkan SK Presiden R.I. Nomor  93 Tahun 1999 tanggal 4 Agustus 1999, IKIP Surabaya mendapatkan perluasan mandat (wider mandate) dan berubah menjadi Universitas Negeri Surabaya (Unesa).  Sejak tahun 1999 tersebut, Universitas Negeri Surabaya memiliki enam fakultas, yaitu Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Fakultas Bahasa dan Sastra (FBS), Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA), Fakultas Ilmu Sosial (FIS), Fakultas Teknik (FT), dan Fakultas Ilmu Keolahragaan (FIK). Jurusan Pendidikan Biologi menjadi Jurusan Biologi yang selanjutnya selain mengelola Program Studi S1 Pendidikan Biologi, juga mengelola Program Studi S1 Biologi yang didirikan berdasarkan Keputusan DirekturJendral Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan & Kebudayaan RI Nomor 191/DIKTI/Kep/1999.